국내 유행 HCV를 사용한 Replicon cell 제작 및 유전자 변이 분석

초록

목적 : 본 연구는 국내 HCV 감염 환자들의 혈청을 genotyping하고 국내 환자에서 유행하는 HCV genotype lb와 genotype 2a의 replicon cell을 제작하고자 수행되었다. 방법 : 국내 정맥주사 약물복용 환자, 혈액투석 환자, 혈우병 환자 및 국립 암센타에서 의뢰한 1996년부터 2003년까지의 국내(춘천, 함안, 여항, 충주, 의령)일반인 anti-HCV 양성 코호트 377명의 가검 혈청으로 C형 간염 유전자 검사에서 양성으로 확인된 2M명의 혈청에서 HCV RNA를 추출 하고 RT-PCR을 통해 cDNA를 합성한 후 nested PCR을 수행하여 INNO-LiPA의 방법으로 유전자형을 결정하였다. 국내 유행 HCV의 replicon cell을 만들기 위해 genotype lb와 2a의 혈청에서 RNA를 추출하고 cDNA를 제조한 후, 5'UTR, Core, E1, E2, NS2, NS3, NS4, NS5, 3'UTR의 6개 fragment로 나누어 overlap되게 증폭하고 각각의 region을 pCR2.1-TOPO vector에 subcloning한 후 sequencing 하였다. 결과 : 국내 C형 간염 환자 204명의 혈청에서 RNA를 추출하고 INNO-LiPA의 방법으로 genotyping한 결과 국내의 C형 간염 환자에서 가장 흔한 유전자형으로 알려져 있는 1b와 2a가 각 4개의 환자군에서도 가장 많은 비율을 차지하였다. 1999년 수집한 혈우병 환자군 검체에서는 genotype 2a보다 1b가 월등하게 많았다. 특히 2005년 정맥주사 약물복용 환자군에서 국내에서는 현재까지 보고된 바 없는 genotype 3a가 국내 최초로 검출 되었으며 국내에서는 드문 genotype 2b가 검출되었다. HCV genotype 1b strain중 한 개의 full genome을 6개의 fragment(1.1-2.7kb)로 나누어 증폭하고 pCR2.1-TOPO vector에 subcloning 한 후 염기서열 분석을 통해 full sequence를 확인하였다. 결론 : 본 연구로 국내 다양한 감염 경로의 C형 간염 환자들의 유전자형 분포를 알 수 있었고 국내 유행하는 HCV 유전자형 1b와 2a의 full genome sequence를 확보하였으며 각각의 region을 subcloning하여 replicon system을 구축하기 위한 기반을 확보하였다.

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