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mRNA 리드 시퀀스 데이터를 이용한 선택 스플라이싱 유형 분석
Alternative Splicing Pattern Analysis from mRNA Read Sequence Data
- 공진화;
- 윤지희;
- 이은주;
- 이종근;
- 원정임
초록
선택 스플라이싱은 단백질 생성 과정의 핵심 메카니즘으로서, DNA 조각들이 mRNA(messenger RNA)로 전사될 때 유전자의 엑손 영역들이 여러 가지 유형으로 다시 연결되는 과정을 말한다. 선택 스플라이싱의 유형은 현재 7가지가 알려져 있으며, 이들 유형은 인간의 질병과 매우 밀접한 관련을 가지고 있다. 본 연구에서는 차세대 시퀀싱 기술로 생성된 mRNA 리드 시퀀스 데이터로부터 각 유전자 영역에 대한 선택 스플라이싱 유형을 분류/추출하는 새로운 알고리즘을 제안한다. 제안된 알고리즘에서는 mRNA 리드 시퀀스 데이터를 DNA 시퀀스와 mRNA 트랜스크립트 시퀀스에 동시 매핑하고, 각 엑손 영역에 정렬된 mRNA 리드 시퀀스 데이터의 커버리지 정보 및 엑손의 접합 정보를 이용하여 발현된 트랜스크립트의 종류와 양을 측정한다. 알고리즘의 유효성을 입증하기 위하여 시뮬레이션 데이터를 이용한 실험을 수행하였으며, 실험 결과에 의하여 제안된 방식이 발현된 선택 스플라이싱 유형과 양을 매우 효율적으로 추출함을 보인다.
키워드
Alternative splicing; mRNA read sequence data; transcript; next-generation sequencing; 선택 스플라이싱; mRNA 리드 시퀀스 데이터; 트랜스크립트; 차세대 시퀀싱
- 제목
- mRNA 리드 시퀀스 데이터를 이용한 선택 스플라이싱 유형 분석
- 제목 (타언어)
- Alternative Splicing Pattern Analysis from mRNA Read Sequence Data
- 저자
- 공진화; 윤지희; 이은주; 이종근; 원정임
- 발행일
- 2011-12
- 권
- 38
- 호
- 6
- 페이지
- 351 ~ 358
- 언어
- KOR
- 출판사
- 한국정보과학회
- 발행국가
- 대한민국
- 분량
- 8 페이지
- ISSN
- P 1229-7739