바이러스 감염진단을 위한 다목적 DNA chip 개발

초록

목적 : 사람에게 감염되어 급성 또는 만성 감염 질병을 유발하는 수많은 바이러스에 대한 현재의 진단 시스템은 다양한 바이러스를 동시에 진단하는 데는 한계가 있다. 또한 현재의 DNA chip은 PCR 증폭 단계를 필요로 하여 target virus가 제한되어 있다. 따라서 본 연구에서는 국내에서 발생하는 주요 바이러스성 질환의 원인 바이러스 typing/subtyping과 새로운 유형의 바이러스의 동시 진단이 가능한 다목적 DNA chip 진단제를 개발하고자 한다. 방법 : 8종의 호흡기 바이러스(PIV 1(C-35), PIV 2(Greer), PIV 3(C-243), RSV A(long), RSV B(CH-18537), HCoV(229E, OC43), SARS-CoV와 7종의 echovirus를 연구 대상 바이러스로 사용하였다. Viral RNA는 QIAmp Viral Mini Kit를 사용하여 분리하고 정제하였으며, 바이러스의 cDNA 합성중에 cy5-dUTP를 cDNA에 통합시켜 50bp-70bp의 바이러스 특이 oligonucleotide와 2시간 동안 hybridization시켰다. 바이러스 특이 DNA chip에서의 반응은 Axon 4000 스캐너로 측정하고 GenePix 4.0 software로 분석하였다. 결과 : cDNA direct labelling에 의한 DNA chip 의 경우는 Echo 6, 13, 30과 호흡기바이러스 HCoV OC43, SARS-CoV의 경우 정확한 바이러스 검출 결과를 나타내었으나 Echo 7, 9, 11, 25의 경우 교차반응을 나타내었다. 그러나 PCR 단계를 포함하는 7종의 Echovirus genotype DNA chip은 사용한 표준주 모두 다른 type과 교차반응을 나타내지 않았으며, 호흡기 바이러스 8종 구분 진단도 사용한 표준주 모두 교차반응 없이 각각의 probe와 반응하였다. 3회의 반복 시험에서 재현성을 나타내었다. 결론 : 현행 DNA chip의 최대 단점인 PCR 증폭 단계를 생략하고 cDNA를 적용하는 시스템을 개발하였다. 향후 이 방법의 더 개선된다면 임상학적 및 역학적으로 연관이 있는 바이러스성 질환의 종합 적인 진단체계 개발로 원인병원체의 신속 정확한 진단을 가능하게 되어 임상에서 원인불명 또는 감별 진단이 향상될 것으로 기대된다.

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