노로바이러스 유전자 검출 최적화 연구

초록

목적 : 본 연구에서는 국내에 유행하는 노로바이러스 유행주 분석을 통하여 국내 Strain에 기초한 piimer를 제작하고 RT-PCR 진단방법의 표준화 및 최적화를 달성하고자 하였다. 방법 : 국내에 발생한 급성 위장염 집단발병의 분자역학적 정보를 얻기 위하여 1999년-2004년까지 국내에서 확인된 노로바이러스의 염기서열을 분석하였으며 이를 바탕으로 primer set을 제작하여 민감도와 특이도를 평가하였다. 결과 : 국내 유행 노로바이러스의 RNA-dependent-RNA-polymerase(RDRP) 부위를 분석한 결과 genogroup Ⅰ에서는 3형이, genogroup Ⅱ에서는 4형이 주요한 아형으로 나타났다. 특히 2002년 유럽에서 집단 발병의 주요 아형으로 밝혀진 genogroup Ⅱ의 4형 변이체가 국내 2 사례에서 확인되었다. Capsid 부위의 분석결과 genogroup I에서 3형이, genogroup II에서는 4형이 주요한 아형으로 나타남으로써 RDRP와 capsid region 결과가 거의 일치하였다. Capsid 분석결과를 바탕으로 국내 strain에 기초하여 capsid 부위를 검출할 수 있는 primer set A와 primer set B를 제작하였으며 primer set A가 genogroup Ⅰ과 Ⅱ에 대한 특이도에 있어 primer set B보다 뛰어났지만 비특이적 밴드는 오히려 primer set B에서 감소하는 양상을 보였다. 민감도에 있어서는 primer set A가 2ng/ul까지만 검출한 반면 primer set B는 0.2ng/ul까지 검출하여 더 높은 민감도를 보였다. 193개의 임상검체를 대상으로 새로 제작한 primer sets의 효율성을 평가한 결과 primer set A는 135개를 검출하여 70%의 검출률을 보였으며 primer set B는 76개를 검출하여 39.3%의 검출률을 보였다. 그러나 primer set B의 genogroup I primer인 경우 primer set A가 검출하지 못하는 검체를 21개(10.9%)나 추가로 검출하여 한국형 genogroup Ⅰ strains에 대한 높은 특이성을 보였다. 결론 : 노로바이러스의 검출을 위해서는 primer set A를 기본으로 하고 genogroup Ⅰ strains에 대하여 primer set B를 함께 적용하는 것이 최적일 것으로 사료되며 본 연구 결과는 국내에서 물이나 음식 등에서 노로바이러스를 검출하는데 유용하게 사용될 수 있을 것이다.

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