Genoepidemiological study에 의한 HIV의 유전체 변이 및 숙주와의 상호반응 연구

초록

목적 : 바이러스 유전체와 바이러스 감염후 숙주세포의 유전자 발현변화를 분석함으로서 숙주와 바이러스의 상호반응을 규명하고자 한다. 방법 : 2명의 Long Term Non Progressor(LTNP)와 3명의 Rapid Progressor(RP)로부터 분리된 HTV의 near full done을 제작하고 전체 염기서열을 결정하였다. In vitro에서의 숙주의 유전자 발현변화를 분석하기 위하여 H9 세포에서 total RNA를 분리하여 cDNA chip을 이용하여 microarray하였다. In vivo에서 lymphocytes의 양적 제한점을 극복하기 위하여 mRNA를 증폭하는 4가지 RNA 증폭방법을 비교·분석하였고, 정상인 4명의 lymphocyte에서의 유전자 발현을 비교하였다. 결과 : 2명의 LTNP와 3명의 RP로부터 분리한 5주, 9 clone에 대하여 전체염기서열을 결정하였다. HIV의 전체 염기서열의 다양성 차이를 계통학적인 방법으로 분석한 결과 뚜렷한 차이를 나타내지 않았다. 9개의 full length clone에 대하여 외국에서 보고된 LTNP와 RP의 염기서열 및 아미노산 서열을 각 유전자별로 비교·분석하였으나 서로 뚜렷한 차이를 나타내지 않았다. Total RNA를 혼합한 reference에 비하여 유전자 발현양상이 2배이상 차이를 보인 유전자수는 NM1에서는 45개, NM2에서는 17개, NM3에서는 57개, NM4에서는 17개였다. 전체적으로 NM1, NM2, NM3, NM4에서의 유전자 발현은 특별한 개인차는 없었다. H9 세포주에서 2배이상의 유전자 발현양상을 보이는 유전자수는 339개였다. In vivo 검체의 양적인 제한점을 극복하기 위하여 mRNA증폭방법 4 가지(T7 RNA polymerase에 의한 증폭법, PCR-based amplification method, TSA Labeling method, 3DNA microarray method)를 비교·분석한 결과 전반적으로 TSA labeling method가 현재까지는 유일하게 성공하였다. 결론 : In vivo와 in vitro에서 숙주의 유전자 발현변화는 현저한 차이를 보이므로 in vivo 에서 바이러스에 감염된 숙주에서의 숙주와 바이러스 상호반응을 제대로 이해하기 위해서는 반드시 적합한 mRNA증폭방법이 정립되어야 할 것이다.

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