미세조작을 이용한 염색체 이상의 분자유전학적 정밀 진단 및 염색체 1번 특이 genomic library의 구성

초록

연구목적 : 한국인의 간암에서 빈번하게 일어나는 염색체 결손 부위는 1p35-36, 1q21-23, 4q12-23, 8p, 8q, 16q22-23, 17p13.1인 것으로 밝혀지고 있으나, 종양유도유전자인 K-ras, N-ras 변이에 의한 간암 발생율은 매우 낮게 나타나고 있다. 이는 간암의 발달 과정에 종양억제유전자의 기능 상실이 중요한 원인이 됨을 시사하고 있다. 본 연구에서는 한국인의 간암에서 빈번하게 결손이 일어나는 1q21-23부위를 대상으로 간암 특이적인 종양억제유전자의 탐색을 위한, LOH 분석에 쓰일 새로운 marker들을 염색체 미세조작법을 이용하여 개발하고자 하였다. 연구방법 : 정상인의 염색체 시료로부터 Iq21-23 부위를 미세절단하였다. 얻어진 염색체 단편들을 Topoisomerase Ⅰ(1U)으로 처리한 후, DOP primer (5' CCG ACT CGA GNN NNN NAT GTG G 3')를 이용, T7 DNA polymerase로 8회 PCR, 연이어 Taq polymerase를 이용한 50회 PCR로 증폭하였다. PCR 산물을 제한효소 Xho I으로 절단한 후, pCAPS에 클로닝하였으며, 염기서열분석과 BLAST를 이용한 DNA database 검색을 수행하였다. 연구결과 : 미세조작법을 이용, 염색체 1q21-23 부위만을 비특이적으로 증폭시킨 결과, 0.2-1kb 범위에 걸쳐 있는 불특정 산물을 얻었다. 이들 산물을 클로닝하여, Genomic library를 만들었으며, 일부 clone들의 염기서열을 결정하였다. 현재 중복되지 않는 것으로 확인된 51 clones을 이용한 DNA database 검신에서 3개의 clones은 repetitive DNA로, 1 clone은 E. coli DNA로 확인되었다. 이들 가운데 염색체 1번에 위치할 것으로 나타난 clone은 2개였다. 고찰 : database 검색에서 염색체 1q21-23 특이적인 것으로 생각되는 47개 clones 가운데 단지 2개만이 염색체 1번에 존재하는 것으로 추정되었는데, 이는 현재 Human Genome Project에서 수행한 1번 염색체에 대한 염기서열결정이 2.6% (98. 10. 18. GDB 자료)에 불과하기 때문으로 생각된다. 따라서 이들 47개 microclones은 염색체 lq21-23 부위 특이적인 새로운 markers로 이용될 가능성이 높으며, 계속적인 선별을 통해 보다 많은 clones을 확보하려고 한다.

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