FCAnalyzer : 전사 조절 인자 예측을 위한 기능적 클러스터링 분석 툴

초록

목적 : 유전자의 발현 조절 데이터를 바탕으로 유사한 발현 패턴을 가지는 유전자의 발현 조절 기작이 유사함을 기능적 클러스터링 방법을 이용하여 입증하고 분석하고자 한다. 방법 : 이 연구에서 우리는 FCAnalyzer 라는 전사조절인자 예측을 위한 기능적 클러스터링 분석 툴을 개발하였다. 이 시스템은 마이크로어레이 데이터의 클러스터링 결과와 클러스터링 된 그룹에서 나타나는 유전자의 유사한 발현 패턴을 분석할 수 있다. 이 시스템은 K-means 클러스터링 방법과 hierarchical 클러스터링 방법을 사용하여 발현 조절 부위를 분석하였다. 결과 : 이 시스템은 TRANSFAC의 Match 프로그램을 사용하여 얻은 예측된 TFBS 정보뿐 만 아니라 Gene Ontology 정보와 combinatorial TFBS 정보를 제공한다. 또한 TFBS 분석과 GO term 분석을 위하여 통계적 방법인 Fisher's exact test 방법을 사용하였다. 결론 : FCAnalyzer는 웹 기반의 방법이며, 사용자 편의를 위한 클러스터링 분석 시스템이다. 이 시스템은 발현 패턴이 유사한 유전자를 클러스터링 하여 그 유전자의 발현 조절 부위를 분석 할 수 있으며 Gene Ontology와 combinatorial TFBS를 분석 할 수 있다.

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